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在处置水质对照庞大、污染物浓度高或活性菌难以降解的废水时需要对进水举行有效的生物降解，如水解酸化、厌氧等前处置，确保膜组件在使用法式中只起到泥水分离作用。通常事先需要举行小型运转试验举行确认
MBR在运行中，跨膜压差的上升主要是由于消融在原水中的未处置有机物被吸附到膜表面引起的，有时会故障稳定运转。
在处置前级使用絮凝剂时，末凝聚的絮凝剂(如PAM)有时同样会故障稳定运转，应注意不要让未凝聚的絮凝剂流入膜生物反映池中。
对于一般工业排水中的物质，通常事先需要举行充分的小型运转实验举行确认，研究膜分离活性污泥法是否合适。需要确认的事项主要如下所示：
1.处置原水时，膜的压差上升是否急剧；
2.用药液清洗后是否能恢回复来的通量；
3.压差恢复后，能否再次举行稳定运转。
膜组件在长期使用法式中由于曝气等原因导致膜丝的断裂，但少量的断裂不会引起产水的严重恶化，当产水水质不能达标的时候应该考虑膜丝完整性的测试。膜丝完整性测试的方式如下：
1.将膜池中的污水排干，并放入清水；
2.将膜丝的进水端通入气源，并保持0.2atm压力；
3.视察膜组件的冒泡现象，如果膜组件有明显的冒泡现象可以证明此处有断裂现象，可对此处举行修补，膜丝的断裂可以通过打结的方式将其堵住。
6.3 故障的处置方式
膜元件的故障一般有：曝气异常、膜间压差上升以及透过水流量削减、透过水质恶化。以下所示为针对种种情况而发生的问题、原因和处置方式。
