一般采用干清粪方式的，污水比较少，容易处理;采用自动清粪方式的，污水量大，先要经过牛粪固液分离设备、牛粪干湿分离设备分离后再做处理，进行利用。牛粪及污水常用作肥料和能源(沼气)，还有用于养鱼、养藻等。
(1)用作肥料牛粪还田是我国传统农业的重要环节，“粮—牛一肥一粮”型传统的农业生产，即牛多肥多、肥多粮多是比较典型的生态农业，牛粪还田在改良土壤、提高农业产量方面起着重要的作用。牛粪便污水还田的方式，与清粪工艺直接相关。采用干清粪方式养牛，粪便可以通过土壤的自净作用处理，土壤获得肥料的同时净化粪污，节省了处理费用。但是土壤的净化能力有限，施用过多容易造成污染，鲜粪在土壤里发酵产热及其分解物对作物生长发育不利，所以施用量受到限制，每公顷耕地鲜粪施用量7.5-9吨。对鲜粪进行腐熟堆肥后施用，可以解决上述矛盾，又能提高肥力。在牛粪腐熟的过程中，温度可达到50 - 70℃，杀灭粪中绝大部分的微生物、寄生虫卵和杂草种子，处理后的肥料含水量低、无臭味，属于迟效性肥料，使用安全方便。腐熟堆肥的条件是：保持好氧环境;水分含量40%-60%;堆肥物料的碳氮比为26-35：1，鲜牛粪为8-13:1即可，碳的比例不足可加野草、秸秆补充。
(2)制沼气粪便污水可以用于制沼气，沼气是厌氧微生物(主要是甲烷细菌)分解粪污中的含碳有设备物而产生的混合气体。沼气是一种能源，可用于照明、作燃料、发电等。发酵后的沼渣可作为肥料，沼浪可以排人鱼塘进行生物处理。沼气发酵的类型有：高温发酵(45-55℃)、中温发酵(35-40℃)和常温发酵(30-35℃)。在我国普遍采用的是常温发酵，其适宜的条件是：
①)温度25-35℃;
②酸碱度(pH) 6.5-7.5，pH低时可用石灰石或草木灰调节;
③碳氮比25-30:1;
④足够的有设备物，一般每立方米沼气池加入1.6-1.8千克的固态原料为宜;
⑤适宜的容积，发酵池的容积以每头牛0.15立方米常温发酵效率低，只是一级处理，沼液、沼渣需经进一步处理，否则可造成二次污染。如果采用中温或高温发酵，提高产气效率、缩短发酵时间，也可以减轻二次处理的难度，减少二次污染。牛粪制沼气在北方，由于气温低使其应用受到限制，在南方地区应用比较广泛。
①)温度25-35℃;
②酸碱度(pH) 6.5-7.5，pH低时可用石灰石或草木灰调节;
③碳氮比25-30:1;
④足够的有设备物，一般每立方米沼气池加入1.6-1.8千克的固态原料为宜;
⑤适宜的容积，发酵池的容积以每头牛0.15立方米常温发酵效率低，只是一级处理，沼液、沼渣需经进一步处理，否则可造成二次污染。如果采用中温或高温发酵，提高产气效率、缩短发酵时间，也可以减轻二次处理的难度，减少二次污染。牛粪制沼气在北方，由于气温低使其应用受到限制，在南方地区应用比较广泛。
